Xã Mỹ Trung tiếp giáp xã Hậu Mỹ Bắc A, xã Thiện Trung ở phía đông, tiếp giáp xã Mỹ Lợi B và xã Mỹ Tân ở phía nam, tây và bắc tiếp giáp xã Phú Điền, huyện Tháp Mười, tỉnh Đồng Tháp.[4]

Các kênh, rạch chảy qua địa bàn xã gồm: Kênh 1, Kênh 2, Kênh 3, Kênh 4, Kênh 5, Kênh 20, Kênh 28, Kênh 300, Kênh 1000, Kênh 2 Tuấn, Kênh 6 - Bằng Lăng, Kênh 6 Đàn, Kênh 500 - Bằng Lăng, Kênh Nguyễn Văn Tiếp B, Kênh Sáu Khanh, Kênh Tám Thước, Kênh Trà, Kênh Tư Cơ.[5]